Здравствуйте, уважаемые!
Собрал и я этот GPSDO YT.
OCXO у меня на 12 В, на выходе синус. Для того чтобы обеспечить необходимую величину управляющего напряжения, пришлось поставить операционниk LM6211 с коэффициентом усиления 2 и запитать его от 12 вольт. Сейчас, в установившемся режиме, управляющее напряжение = 4.64 В.
Прошивка последняя, v1.56.
Начал смотреть на спектране сигнал с трансивера,  129 гармоника, трансивер на частоте 1289.999 МГц. 
И обнаружил неприятную вещь. На сигнале гребёнка  в такт с сигналом 1PPS.
На частотах около +/- 20 Гц от основного сигнала и далее через 40 Гц "палки".
Которые пропадают на время когда останавливается счет и перестает моргать светодиод COUNT.
На фото как раз подловил этот момент.
Вот такая печалька. Хочу попробовать поставить еще одну 74LS14  и пустить 10 МГц через нее отдельно от 1PPS,  может поможет. Хотя если  всё это лезет из самой Меги, тогда уже наверно ничего не сделаешь.  У кого есть возможность, посмотрите, что у вас?