Думаю для 74LS14 трехвольтовый уровень нормальный для формирования импульсов.
Саша, я сейчас подаю 1PPS с GPS модуля напрямую на Мегу, минуя 74LS14. Наводки пропали.
По поводу вчерашних скачков частоты выяснил. После того как сделал изменения, я сразу включил девайс для проверки, не прикрутив плату к корпусу. Она просто висела на проводах. Видимо из-за этого и были сбои. Когда засунул в корпус и прикрутил, всю ночь отстояла, и на утро никаких проблем, всё по нулям.
Вчера вечером мне ответил Янник. Скриншот ответа прилагаю.
Он спросил, неужели это так важно что на 129 гармонике что-то там видно? Неужели это плохо сказывается на точности. Еще сказал, что ему нравится, что светодиод моргает.

Вот я и думаю, что ему ответить. Может действительно вся это "ловля блох" ни к чему.
То что на точности и стабильности частоты это никак не сказывается, это понятно. Но дело не только в точности, но и в качестве сигнала. У меня нет анализатора спектра. И посмотреть, что там творится вокруг основной частоты я не могу. На спектране на основной частоте ничего лишнего не видно.
Но, как мне кажется, такой косвенный метод оценки сигнала всё же возможен. Или я ошибаюсь?
Ведь неспроста же вся эта бяка вылезла на гармониках, значит она присутствует в сигнале. Просто я ее не вижу таким способом на основной частоте, без специальных приборов. Если эти "палки" от мигающего светодиода, находятся на расстоянии +/-19.07 Гц от основного сигнала, разве их увидишь на основной частоте? Но на гармониках видно, что они есть!
И еще. Одно дело, просто контролировать что-то там по этому эталону частоты. А если нужно использовать его в качестве опоры, например, для синтезатора с ФАПЧ, то наверно чистота сигнала имеет значение? Если специалисты прольют свет на всё это дело, буду очень благодарен. Да наверное и не только я.

Ну и последнее. Так как Янник дал понять, что он не хочет убрать мигание светодиода "Count" (ну нравится ему), пришлось напрячь остаток мозгов и покопаться в исходнике в котором комментарии на французском языке.

В итоге, убрал я это мигание в версии 1.56.

По сути, проблемы снялись, но вопросы остались. Пишите пожалуйста ваши мысли по этому поводу.
Надо же что-то ответить Яннику.