Разные операционки по разному дергают СОМ порт. Вин98 дергал 2-3 раза с интервалами в несколько секунд, XP - 3 раза подряд, почти без интервалов, потом вроде бы еще раз через несколько секунд.
Собственно, бороться с этим не нужно. Нужно брать управление из выхода для РТТ (с задержками, которые сформированы внутри трансивера) или как предлагает Иван WDK, что секвенсор всей аппаратурой управляет, а самим секвенсором - уже педали, тангенты, СОМ-овское РТТ и т.д.