Я придерживаюсь следующей технологии:
1. Создаю папку с рабочей программой по имени моего проекта, к примеру D:\ARDUINO\K3NG
2. В эту папку распаковываю дистрибутив ARDUINO IDE
3. В папку документов, у меня это C:\Documents and Settings\user\Мои документы\Arduino
распаковываю папкой скетч (имя папки должно совпадать с именем скетча)
4. Проверяю наличие папки C:\Documents and Settings\user\Мои документы\Arduino\libraries и там не должно быть ничего
5. Из папки библиотек скетча у меня C:\Documents and Settings\user\Мои документы\Arduino\k3ng_rotator_controller-LCD2004A\libraries скопировать все папки в папку библиотек рабочей программы у меня это D:\ARDUINO\K3NG\libraries
И будет нам счастье
PS все скопированные нами библиотеки появятся в системных библиотеках ARDUINO IDE
PPS Почему так? Не все библиотеки включаемые как пользовательские (в папке документы) нормально компилируются в проекте, а вот как системные - проходят