Если все процедуры выполнены правильно, проблем не должно быть. Я прошивал внешним программатором, как самодельным так и фирменным, все шьется как положено.
На CQHAM есть форум посвященный LVB, там есть все рекомендации и варианты прошивок. Если не читали, то советую полистать. Хотя если занялись изготовлением этой приблуды, наверное должны уже были порыть в форумах.
После ответа зашел на Краснодарский форум и увидел Ваш вопрос на нем. Все же советую перечитать форум, хоть он и не маленький. Ответ думаю найдете.