И в довесок вопрос: Какая звуковая карта? на какой платформе? Драйвера?
И еще: обратите внимание на настройку COM-порта, того, что проедназначен для включения передачи на трансивере.
Если к нему кто-то "ломится", когда запущена WSJT, то последствия примерно такие же.