В основном меняется все только в двух файлах rotator_pins.h и rotator_features.h
Скорее всего в скетче ничего менять не надо.
Но нельзя использовать любой PIN под вход с датчика, как было верно подмечено. Можно только тот который поддерживает прерывания.
#ifdef FEATURE_EL_POSITION_PULSE_INPUT
#define el_position_pulse_pin 1 // must be an interrupt capable pin!
#define EL_POSITION_PULSE_PIN_INTERRUPT 1 // Uno: pin 2 = interrupt 0, pin 3 = interrupt 1 ; Mega: pin 2 = interrupt 0, pin 3 = interrupt 1, pin 21 = interrupt 2, pin 20 = interrupt 3, pin 19 = interrupt 4, pin 18 = interrupt 5
#endif // read http://arduino.cc/en/Reference/AttachInterrupt for details on hardware and interrupts
В первом define указываем порт, во втором define номер прерывания. Посмотреть соответствие можно по ссылке.
И что-то мне подсказывает, что считать импульсы система будет только при нажатой кнопке движения вверх или вниз. Так как самостоятельно определить направление движения система не может.