Нужна программа VAC -виртуальная аудио карта, через которую можно сделать последовательное соединение нескольких программ.
Но, это не имеет никакого смысла, WSJT имеет в себе все необходимые DSP-алгоритмы для наилучшего декодирования сигнала. Поэтому и никакие пред. обработки не нужно включать ни в трансивере, ни через дополнительные программы.