Посмотрите настройки меню TS-2000, связанные с портами. За всю историю работы с OmniRig, в паре с TS, IC, FT никогда не применял Handshake.
Достаточно было по шинам RTS и DTR, подобрать Low или High.
Если TS-2000 так работает, ничего страшного в этом нет.