Возможно, авторы Пони сделали "защиту от дурака", чтобы не дать запороть (точней не допустить невозможность дальнейшего перешивания в их программе) контроллеры настройкой вывода сброса как линию ввода-вывода.
Похоже, тут нужен другой прошивающий софт. Но, можете поставить птицы на то, что в документации к попугаю написано = 0. В Поневской интерпретации 0 = установленной птице, 1 = НЕ установленной. На ногу сброса это никак не повлияет.
Если код зашьется, то его можно будет оттуда прочитать и сверить, а потом уже другим софтом только бит поставить, который переведен 1ю ногу в режим порта ввода-вывода. Должно всё заработать, только уже поня не сможет читать-писать.
Вот тут подобный случай описывают, когда нужно было задействовать ногу сброса:
http://nsskn.narod.ru/tinyprog/
А лучше написать автору вопрос о том, какая прошивка рабочая (т.к. их несколько) и нужен ли еепром-файл или в еепром потом только пользовательские установки сохраняются.