Частота передатчика репитера обычно выше приемной, поэтому ФНЧ бесполезен. Нужно добавлять фильтрующие резонаторы, например, режекторные с настройкой на частоту приема в секцию передатчика.
Еще как вариант, улучшить развязку использовав физически отдельные приемную и передающую антенны. Лучше получается развязка антенн при размещении на разной высоте, чем по расстоянию, в пределах разумного.