Если синтез для ПЛИС и АЦП внешний, то ответ отрицательный, не получится сделать от этого клока еще и 50 МГц для PHY
100% сказать не могу, но такие случаи были, если клока нет вначале, то она просто не прогрузится, а насчет пропадания клока в процессе работы могу натурный эксперимент провести, но тоже почти на 99% могу сказать что ничего не произойдет, будет просто стоять, не калиться