Еще как вариант поставить программу CAM350, перед отправкой фалов все Gerber слои залить в эту программу + файл сверловки. В программе есть проверка Gerber и сверловки на правильность (вычисляет дублирование отверстий и еще разные ошибки). А потом можно дополнительно к Gerber заказчику в архиве и файл CAM350 отправить для надежности.