Затем в текстовом редакторе (я пользую NotePad++) удаляю ненужные строки
Не могу сказать про WSJT, но файл журнала MSHV Метеор кушает без всякой предварительной редакции.
Выделяю нужный период в журнале, сохраняю выделенное в файл и отправляю этот файл в Метеор.
Лишнее, или недостающее (локатор, например) легко правится в уже загруженном отчёте.
Я бы не рекомендовал "ручную" правку файла журнала перед загрузкой. Шансов получить проблему при загрузке больше.
Особенно неопытным р/л.