Для того чтобы ответить на ваш вопрос нужно знать схемотехнику вашего RigExpert. А если в общем, то WSJT использует звуковуху компа и по приему и по передаче на TRX. В большинстве своем управление TRX, как PTT, считывание частоты и т.д. осуществляется по COM порту через всевозможные интерфейсы. А вот по НЧ с компа, через звукофуху, с гальванической развязкой или напрямую, по разному. А у вас как я понял один стык TRXа c компом через USB порт, а это скорей всего для управления трансивером (PTT, частота, мода и т.д.). Значит нужно все равно НЧ вход/выход TRX соединять со звуковухой компа, как это вам решать.
Через USB я что-то не видел.
Павел.