А вы ж написали что оно отключено ?
Отключено использование процессором
внешнего опорного напряжения компаратора.
Для него на плате есть отдельный вывод.
Есть ещё и "внутреннее", но оно 1,1V. Которое по дефолту тоже отключено.
В этом случае, ардуина использует DEFAULT опорное напряжение, которым является
напряжение питания платы.
А оно у тебя сейчас от USB, да ещё и через диод подано на процессор.
Вот и получилось, что "новое" напряжение на USB отличается от "старого". А компаратор этого "не знает". Соответственно и брешет.
Поэтому, настоятельно рекомендую сначала запитать контроллер от внешнего БП и только после этого делать калибровку.
Как её делать, ссылку я тебе уже давал.