Кварцевый фильтр между рубидием и ФАПЧ ОСХО пока в проекте.
А нужен ли он, по-хорошему? Я бы подумал опустить частоту сравнения пониже и увеличить постоянную времени в "подчисточной" петле ФАПЧ пропорционально. Ну и поработать над стабилизацией питания OCXO и его "изоляцией от внешнего мира" во всех смыслах - начиная от температурных воздействий и кончая буфером с хорошей изоляцией.
Но то, что без "подчисточной" ФАПЧ этот самый FE5680А не шибко пригоден для серьезной работы - очевидно. Я пока для приборов использую Efratom FRS-C (все же вернулся к нему, отложив пока возню с FE5680А), но в планах на зиму сделать второй рубидиевый опорник на FEI. Вот и в раздумьях - делать классическую PLL или нечто больше похожее на "дисциплинирование" OCXO от сигнала рубидия (FLL с программным фильтром с большим тау и, возможно, какой то предиктивной подстройкой).